Jego twardość wynosi od 7,5 do 8 w skali Mohsa, ma niewyraźną łupliwość, gęstość od 2,68 do 2,74 g/cm3, żywy szklisty połysk, jest przezroczysty do nieprzezroczystego i pozbawiony fluorescencji. Kamienie o gorszej jakości podgrzane do temperatury od 400 do 500oC, nabierają trwałej barwy akwamarynu, jednakże ogrzanie ponad tą temperaturę powoduje ich odbarwienie. Promieniowanie neutronowe i gamma także poprawia kolor jednak w sposób nietrwały. Akwamaryn jest kruchy i wrażliwy na nacisk. Inkluzje z niewielkich ułożonych pionowo kanalików bądź minerałów obcych, powodują powstanie efektu kociego oka i astretyzmu w formie sześciopromiennej gwiazdy.
Złoża akwamarynu znajdują się w Brazylii, Australii, Birmie, Chinach, Indiach, Kenii, Mozambiku, Namibi, Nigerii, Sri Lance, Tanzanii, USA, Zambii, Zimbabwe, na Uralu i Madagaskarze. W Polsce spotykany jest wyłącznie w Karkonoszach. Występuje on w naturze w postaci dużych kamieni i dlatego jego cena nie jest zbyt duża. Ze względu na jasną barwę, zazwyczaj obrabiane są kamienie dość duże z zastosowaniem szlifu schodkowego. Barwę akwamarynu bardzo często wzmacnia się podgrzewaniem.
Największy wydobyty w 1910 roku mający 48,5 cm i 42 cm średnicy oraz ważący ponad 110 kg okaz akwamarynu pochodzi z Brazylii. Natomiast największy oszlifowany kamień mający formę obelisku o wymiarach 36 cm wysokość, 10 cm szerokości i wadze 10.363 karatów znany jest jako „Dom Pedro” (znajduje się on obecnie w Narodowym Muzeum Historii Naturalnej w USA). Uzyskano go ze znalezionego w 1980 roku także w Brazylii mierzącego 91 cm i ważącego około 45 kg akwamarynu.
Akwamaryn pomylić można z euklazem, cyjanitem, topazem, turmalinem, cyrkonem oraz szklanymi imitacjami. Syntetyczna produkcja akwamarynu jest nieopłacalna. Do jego naśladownictwa wykorzystuje się syntetyczne spinele zabarwione kobaltem.
Do określenia bardzo dobrej jakości drobnych kamieni, stosuje się pojęcie „Santa Maria” biorące się od nazwy kopalni w Brazylii, dla drobnych kamieni z Mozambiku jest to „Santa Maria Africana”, a dla mocno niebieskich akwamarynów „Akwamaryn maxix”.